MEGA进化树官方版是国外的操作简单，功能强大的分子进化遗传分析软件，该软件界面简洁，有很多的功能和改善，增加了了向导式系统，用来识别树中的基因复制事件，并且重新考虑树资源管理器，以便可以显示多达100k类群的树。而且MEGA进化树下载简便。

功能特点

      1、序列分析

      系统发育推论

      型号选择

      约会和时钟

      祖传国家

      选择和测试

      序列比对

      2、统计方法

      最大似然

      距离方法

      普通最小二乘

      最大的简约

      复合似然

      贝叶斯

      3、强大的视觉工具

      对齐/跟踪编辑器

      树探索者

      数据探索者

      传奇发电机

      基因复制向导

      时间树向导

使用教程

      1、首先MEGA进化树下载，根据提示安装好软件之后，准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。

      2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。

      3、打开刚刚保存下来的fasta序列。

      4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。

      5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。

      6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)和Minimum-Evolution(最小进化法)方法，在此选择选择Neighbor-Joining(邻接法)建树。

      7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰。